La importancia que tiene los procesos microbiológicos en el océano ha cobrado una relevancia creciente en los últimos años. Los procesos asociados a comunidades de microorganismos marinos son actualmente reconocidos como componentes cruciales de las redes tróficas oceánicas y de los ciclos de nutrientes en el mar. Nuevos descubrimientos en campos como la microbiología marina y la oceanografía microbiana han llevado al refinamiento de conceptos como el “loop-microbiano”, estableciendo que son los microorganismos los responsables de la fijación de casi la mitad del CO2 global y de encausar, por medio de la incorporación de materia orgánica disuelta, una gran fracción de los flujos totales de materia y energía en las tramas tróficas marinas, principalmente a través del componente heterotrófico de dichos organismos. Sin embargo, el conocimiento acerca de los factores que regulan la distribución de los distintos componentes microbianos del ecosistema se encuentra aún en desarrollo. El hecho de que la gran mayoría de los grupos que conforman el Árbol de la Vida sean microorganismos convierte esta tarea en prioritaria para el entendimiento del ecosistema y de la vida misma. Sin embargo, uno de los mayores problemas con los que se debe lidiar en esta área es la dificultad que presenta el aislamiento de microorganismos en le laboratorio. Se estima que alrededor del un 99% de los microorganismos presentes en un sistema determinado no son capaces de crecer en condiciones de laboratorio con las metodologías actualmente disponibles. Si bien se han hecho avances en estas áreas, el desarrollo de herramientas moleculares independientes del cultivo para el análisis de comunidades microbianas complejas ha permitido un enorme avance en el estudio de estos sistemas.
Nuestro laboratorio se enfoca en el análisis de comunidades microbianas marinas y en cómo estas responden frente a perturbaciones ambientales. La herramienta principal de nuestra investigación se basa en el análisis de comunidades microbianas complejas, mediante el análisis del ADN comunitario o metagenómico, tanto por medio de la aplicación de metodologías de secuenciación masiva como mediante el análisis de patrones comunitarios generados a partir de marcadores taxonómicos. Este tipo de aproximaciones permite analizar la información genética presente en el ambiente sin la necesidad de cultivar los organismos en el laboratorio, entregando una visión más completa del sistema.
En este momento nuestro laboratorio esta principalmente enfocado en entender como se ve afectado el componente microbiano en ambientes costeros frente a largas exposiciones a altos niveles de cobre y a variaciones en los niveles de luz, con particular énfasis en el componente fotosintético de dichos sistemas. El tipo de preguntas que buscamos responder son: ¿Qué tipo de microorganismos se ven favorecidos frente a este tipo de perturbaciones? ¿Qué tipo de organismos se ven afectados? ¿Cuáles son las funciones que permiten a los microorganismos vivir en tales condiciones de estrés ambiental?
Por otro lado, nuestro laboratorio se encuentra colaborando en el análisis y anotación de metagenomas marinos, particularmente provenientes del componente eucarionte del plancton de menor tamaño (< 3 µm), también conocidos como picoeucariontes. Esto último está enfocado tanto en el diseño de herramientas que permitan analizar la gran cantidad de datos generados con estas aproximaciones, así como en el análisis de secuencias y anotación de funciones. Estas investigaciones son llevadas a cabo en colaboración con el Laboratorio de Procesos.