Francisco Melo

Líneas de Investigación:

• Afiliación primaria
  Biología integrativa

   

  Mi investigación se centra en la biología estructural y el estudio de las interacciones atómicas que determinan el reconocimiento molecular, como la especificidad y afinidad. Inicié analizando interacciones intramoleculares en proteínas y su impacto en el plegamiento de estructuras nativas, extendiendo luego este enfoque al estudio de interacciones en ARN, ADN y entre ADN y proteínas, utilizando análisis in silico y desarrollando herramientas bioinformáticas de acceso libre basadas en datos experimentales disponibles públicamente.

  Actualmente, combino este enfoque con experimentos in vitro e in vivo para generar datos propios. Mis estudios abordan la afinidad y especificidad de factores de transcripción y enzimas reparadoras de ADN dañado, integrando ensayos de unión in vitro, evolución dirigida y tecnologías emergentes como la secuenciación profunda, estudios biofísicos y análisis bioinformáticos. Estas investigaciones ofrecen un modelo único para entender el balance afinidad/especificidad en el reconocimiento molecular, con implicaciones fundamentales en funciones biológicas y aplicaciones tecnológicas, incluyendo la mejora de estrategias terapéuticas y de ingeniería biomolecular.

  Pulicaciones destacadas

  • Martí-Renom, M. A., Stuart, A. C., Fiser, A., Sánchez, R., Melo, F., & Sali, A. (2000). Comparative protein structure modeling of genes and genomes. Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure, 29, 291-325. https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.29.1.291
  • Melo, F., & Feytmans, E. (1998). Assessing protein structures with a non-local atomic interaction energy. Journal of Molecular Biology, 277(5), 1141-1152. https://doi.org/10.1006/jmbi.1997.1614
  • Melo, F., Sánchez, R., & Sali, A. (2002). Statistical potentials for fold assessment. Protein Science, 11(2), 430-448. https://doi.org/10.1110/ps.28102
  • Pieper, U., Eswar, N., Davis, F. P., Braberg, H., Madhusudhan, M. S., Rossi, A., Marti-Renom, M., Karchin, R., Webb, B. M., Eramian, D., Shen, M. Y., Kelly, L., Melo, F., & Sali, A. (2006). MODBASE: A database of annotated comparative protein structure models and associated resources. Nucleic Acids Research, 34(suppl_1), D291-D295. https://doi.org/10.1093/nar/gkj059
  • Melo, F., & Feytmans, E. (1997). Novel knowledge-based mean force potential at atomic level. Journal of Molecular Biology, 267(1), 207-222. https://doi.org/10.1006/jmbi.1997.0913
  • Vergara, I. A., Norambuena, T., Ferrada, E., Slater, A. W., & Melo, F. (2008). StAR: A simple tool for the statistical comparison of ROC curves. BMC Bioinformatics, 9, 265. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-265
  • Sánchez, R., Pieper, U., Melo, F., Eswar, N., Martí-Renom, M. A., Madhusudhan, M. S., Mirković, N., & Sali, A. (2000). Protein structure modeling for structural genomics. Nature Structural Biology, 7(Suppl), 986-990. https://doi.org/10.1038/nsb1100_986
  • Eramian, D., Shen, M. Y., Devos, D., Melo, F., Sali, A., & Marti-Renom, M. A. (2006). A composite score for predicting errors in protein structure models. Protein Science, 15(7), 1653-1666. https://doi.org/10.1110/ps.062095906
  • Melo, F., Devos, D., Depiereux, E., & Feytmans, E. (1997). ANOLEA: A www server to assess protein structures. Proceedings of the International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 5, 187-190.
  • Melo, F., Carey, D. J., & Brandan, E. (1996). Extracellular matrix is required for skeletal muscle differentiation but not myogenin expression. Journal of Cellular Biochemistry, 62(2), 227-239. https://doi.org/10.1002/(SICI)1097-4644(19960801)62:2<227::AID-JCB11>3.0.CO;2-K

  ---

Cursos en los que Participa:

• BIO4414 - BIOINFORMÁTICA MOLECULAR